從源頭上來講，偵查期間的鑒定程序規(guī)定都應該來源于《刑事訴訟法》的相關規(guī)定，應該大原則上是一致的。但是，由于推動鑒定程序的機關不同，還是有一些具體的差別。

檢察院自偵案件的鑒定與公安機關鑒定存在的不同主要體現(xiàn)在以下4點：

1、鑒定人員不同；檢察院自偵案件的鑒定由人民檢察院有鑒定資格的人員進行。必要時，也可以聘請其他有鑒定資格的人員進行，但是應當征得鑒定人所在單位同意。而公安機關的鑒定是指派和聘請有專業(yè)知識的人員。

2、對鑒定材料的要求不同；人民檢察院對檢材沒有具體要求，而公安機關對檢材的保管和傳遞都有明確要求。 3、對補充鑒定和重新鑒定的要求不明確；檢察院只是說在必要時可以補充鑒定和重新鑒定，而公安機關詳細列明了可以補充鑒定或重新鑒定的情況。

4、對鑒定人資質的要求不同。檢察院沒有規(guī)定鑒定人員的資質問題，而公安機關明確規(guī)定了鑒定機構和鑒定人員的資質問題。

在檢察院辦理自偵案件時進行的鑒定，雖然在大的原則上與公安機關的鑒定規(guī)定基本類似，但是，在一些細節(jié)問題上，相比公安機關的規(guī)定來看，比較粗糙。一方面可能與檢察院自偵案件的數(shù)量與公安機關的辦案數(shù)量差別較大，從實踐中得出的經(jīng)驗不多有關，另一方面可能與檢察院在辦理自偵案件時只存在內(nèi)部監(jiān)督有關。既然只有內(nèi)部監(jiān)督而沒有外部監(jiān)督，對自己的要求可能就不必太嚴格。這也許就是偵查權力需要分散制約的根本原因！