各地方建設(shè)行政主管部門和行業(yè)協(xié)會擬定的招標(biāo)代理合同示范文本格式條款不完善，監(jiān)管機(jī)構(gòu)對于備案的招標(biāo)代理合同審查不嚴(yán)格。同時，招標(biāo)代理合同相關(guān)的配套文件不完善。我國有關(guān)建設(shè)工程招投標(biāo)的法律、法規(guī)的實(shí)行為招標(biāo)代理合同的簽訂奠定了良好基礎(chǔ)，但在執(zhí)行過程中，仍然存在許多不完善或有待明確的地方。如：

(1)《招標(biāo)代理服務(wù)收費(fèi)管理暫行辦法》中有關(guān)勘察、設(shè)計、咨詢、監(jiān)理等服務(wù)招標(biāo)的招標(biāo)代理收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)的基數(shù)為勘察、設(shè)計、監(jiān)理等的中標(biāo)價的服務(wù)招標(biāo)來收取代理費(fèi)，其收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)明顯偏低，在實(shí)際項(xiàng)目代理的過程中，招標(biāo)代理機(jī)構(gòu)在支付5-7人專家評委費(fèi)后，所收得的服務(wù)費(fèi)還存在虧本的現(xiàn)象。

(2)《招標(biāo)代理服務(wù)收費(fèi)管理暫行辦法》中規(guī)定單獨(dú)提供編制招標(biāo)文件(有標(biāo)底的含標(biāo)底)服務(wù)的，可按規(guī)定標(biāo)準(zhǔn)的30%計收。根據(jù)招標(biāo)代理工作的實(shí)際情況，編制招標(biāo)文件及工程標(biāo)底占有招標(biāo)代理業(yè)務(wù)中很大的一部分工作量，特別是各專業(yè)的人員配備，僅按規(guī)定標(biāo)準(zhǔn)的30%計收費(fèi)用，顯然不盡合理。

(3)《招標(biāo)代理服務(wù)收費(fèi)管理暫行辦法》規(guī)定招標(biāo)代理服務(wù)收費(fèi)實(shí)行政府指導(dǎo)價，并給出了全過程招標(biāo)代理服務(wù)收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)，但對非全過程招標(biāo)代理的情況沒有給出確定的收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)。

(4)《招標(biāo)代理服務(wù)收費(fèi)管理暫行辦法》中招標(biāo)代理服務(wù)收費(fèi)采用差額定率累進(jìn)計費(fèi)方式，上下浮動幅度不超過20%。目前招標(biāo)代理合同簽訂時，招標(biāo)人不具體分析委托項(xiàng)目估算價，均要求下浮20%。